آزمایشگاه میکروبیولوژی به عنوان یکی از بخش‌های مهم دانشکده، مسئولیت ردیابی و شناسایی
باکتری‌های پاتوژن و شمارش برخی از میکروارگانیسم‌ها را در فرآورده‌های غذایی،
براساس متدهای استاندارد ملی و ISO برعهده دارد. این مجموعه قادر به ارائه خدمات آموزشی،
پژوهشی، انجام پروژه‌های تحقیقاتی و آنالیز فاکتورهای میکروبیولوژی موادغذایی به
سایر موسسات، شرکت‌ها و کارخانجات خارج از دانشکده می‌باشد.